Cikal bakal Masjid Al – Jihad Pepageka berawal pada tahun 1956. Kala itu umat Islam di desa ini gotong royong membangun sebuah mushola kecil berbentuk rumah panggung. Pertimbangannya, karena desa ini menjadi muara banjir dari segala penjuru. Bahkan rumah-rumah penduduk pun berbentuk panggung. Mushola panggung itu letaknya di pinggir desa. Terbuat dari batang kelapa sebagai tiang penyangga, dindingnya dari bambu, lantai juga dari bambu dan atapnya dari alang-alang, kadang-kadang diganti daun kelapa.
Tahun 1970, dengan semangat swadaya, umat Islam sudah mampu membangun semi permanen masjid Al – Jihad. Lokasinya tidak lagi di pinggir desa tetapi berpindah ke tengah desa, seperti sekarang ini, berdiri di atas tanah wakaf Bapak Jafar Lang Koda. Pembangunan masjid semi permen ini juga tak lepas dari jasa baik Pastor Paroki Hinga dan Paroki Lambunga, Hendricus Van Der Hulzt, SVD. Akrab dipanggil dengan Tuan Vande. Bersamaan dengan itu, di sebelahnya berdiri Gereja Santu Michael, oleh Tuan Vande.
Harus diakui, kala itu, para tokoh agama Islam dan Katolik di desa ini memang memiliki pemikiran jauh ke depan. Sebab, mereka sudah menyiapkan lahan kosong di antara bangunan masjid dan gereja tadi. Lalu ketika Carolus Kia Koli (alm) menjadi kepal desa, dibangunlah balai desa.
Tahun 1980, atas inisiatif Bapak Abdul Kadir Thalib (kini almarhum) yang kala itu sebagai Imam Masjid Al – Jihad, masjid ini dibangun kembali. Bukan sekaligus tetapi bertahun-tahun baru selesai.
Meski ketiga bangunan ini sudah lama berdiri puluhan tahun tetapi masyarakat Indonesia baru mengetahuinya tahun 2024. Itu setelah viral berita tentang tradisi kerukunan antarumat ber agama (Islam dan Katolik) di Desa Pepageka yang beritakan beberapa media nasional. Simbil tolerensi itu adalah tiga bangunan tadi: masjid, gersja dan balai desa. Maka sangatlah tepat kita sepakat mengatakan, Masjid Al – Jihad Pepageka adalah Simbol Toleransi Indonesia di Pedalaman NTT.
Data tahun 2025 menunjukkan, jumlah penduduk Desa Pepageka sebanyak
1.345 jiwa. Umat Islam hanya 292 jiwa (91 KK), sedangkan umat Katolik sebanyak 1.052 jiwa (330 KK). Kalau kita bangga Islam menjadi agama mayoritas di negeri ini, maka kami lebih bangga lagi Islam menjadi agama minoritas di desa ini. Karena kami mewarisi tradisi para leluhur kami untuk hidup berdampingan dan saling menghormati, yang belakangan dikenal dengan sebutan toleransi.
Kini, kondisi bangunan Masjid Al – Jihad, terutama kubah utama, sungguh memprihatinkan. Beberapa kali daerah Flores Timur dihantam gempa bumi mengakibatkan konstruksi kubah ikut tergerus. Saat hujan, rembesan air dari atas kubah masuk ke dalam masjid. Kondisi ini sangat berbahaya bagi umat saat ibadah. Saatnya masjid Al – Jihad direnovasi total, tanpa menghilangkan bentuk aslinya.
